当时研究Layers的还有LivePicture，是Photoshop劲敌。Live Picture的Layer具有将单独分离的元素多重地堆叠起来。当时也有谣言说Photoshop的工程师抄袭了LivePicture的Layers特征，事实上，早在Thomas还未听说过LivePicture的时候，他便已开始研究Layer这一概念。对他来说，这个概念仅是为了方便在编辑图片的时候可以把物体单独分开。Photoshop3.0的Mac和Windows版本分别在在1994年9月底和11月发行。
图9 麻烦重重的3.x版本
3.0版从研发到发行都充满了磨难。在它未发行之前，Jeff Pakler去度假了，留下一个没有管理人员的摊子。JohnLeddy必须一步一步地接替这个位置。在Beta检测过程中，又出现了Q&A (质量评估)麻烦。许多3.0版本中的特征几乎不能通过甚至完全不能通过。当时有谣言说Browm捏造了一些特征只是为了引起市场的轰动效益，缺乏证明使得Adobe的各个部门在信息业中几乎瘫痪。在版本3.0发行之后，程序出现了更大的故障。不知何故，beta终止编码没有响应。Adobe收回了出售的3.0版本。3.0.1版本迅速发行。不幸的是那些试用者并没有归还软件，这个程序在1995年12月1日终止了运行。许多用户都意识到了3.0版的问题，这在用户中引起恐慌。Adobe尽最大的努力去替换3.0版的CD。通过网上服务， 3.0.1版更新3.0版。同样不幸的是，95年2月1日，日本版本同样出现beta终止警报。Adobe试图用版本更新的3.0.3版本解决这个问题，但这仍造成了很糟糕的影响。许多工程师离开了Adobe。这点小障碍并没有减小3.0版本使用者的热情，特别是对它的Layer(图层)功能。
不管怎么说，Photoshop3.0(包括它5个升级的版本)仍是一个成功的产品。许多人无论是否Adobe的工作人员都在想没有什么能超越这个版本。虽然那时候有相当大的一支设计队伍(包括苹果公司的Sean Parent，来自IBM公司的Marc Pawliger)，但是继续开发Photoshop新版本的决心动摇了。工程师们开始把注意力分散到其他的项目。Photoshop的发展似乎陷入泥潭，直至Lamkin加入。他聘请了一个界面设计师重做Photoshop的界面，目的是使Adobe所有的产品都具有相似的外观和操作方法。并且他说服Hamburg重返Photoshop设计小组。此举给Photoshop的用户带来了新的惊喜。这即是4.0版本的开端，代号为Big Electric Cat。
当第一张beta磁盘出现，引起了测试者们的骚动。为什么Photoshop有了这么多的改变。一些使用者提出抗议。测试完成后，测试者们都已经适应了这种改变，但是一些媒体包括一些网上服务CompuServe和AOL都充斥着一些使用者的怨言。1996年11月Photoshop4.0发行，很多用户认为Photoshop被破坏了。最后，当他们了解了这些变化，并且明白了Photoshop改进的良苦用心，这些争论才烟消云散，新界面逐渐被大家所接受。
Photoshop 4.0的成功给Adobe带来了很大的商业利益，也为当初那些大胆改革的工程师们作了最有力的辩护。此时，Adobe意识到Photoshop的发展前景，与Knoll兄弟重新签订合同，买断了Photoshop的所有权。
图10 重获好评的Photoshop 4.0
图11 photoshop各版本的tools面板
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